如果12岁男孩发现阴茎短小，但无其他异常，不一定需要治疗，首先需明确是否为正常发育阶段的问题。建议由家长带孩子就医，由医生评估其生长发育情况，包括生殖系统检查、激素水平检测等。若确有生长异常，则根据具体原因采取合适干预方法。
1正常发育阶段的考虑：
12岁正处于青春期初期，由于个体发育的时间差异，性器官的生长也存在明显差别。有些孩子在这一阶段表现得发育迟缓，但随着青春期的进行，睾酮水平上升，性器官会随之逐渐增大。家长首先应观察孩子的整体发育表现，如身高、体重、第二性征如喉结、体毛等。如果整体发育正常，可能无需特别担心，但需密切关注。
2病理性原因的可能性：
若检查后发现阴茎短小明显偏离同龄人平均水平，可能与以下因素有关：
a.遗传：家族中父亲或直系亲属若有类似情况，需检查性染色体异常，例如克氏综合征47，XXY。
b.内分泌障碍：如生长激素缺乏或雄性激素生成不足，可能导致发育迟缓。可进行血液化验检查睾酮水平、垂体激素以及甲状腺功能。
c.其他病理问题：如尿道下裂、隐匿性阴茎、先天性发育不良，也可能造成表观上的"短小"。
3治疗和干预措施：
a.药物治疗：若存在激素不足，可在医生指导下进行睾酮补充疗法，通常采用外用睾酮软膏或睾酮注射，但需遵循医学建议，切勿自行尝试；
b.手术治疗：如伴有解剖性异常隐匿性阴茎、尿道畸形等，手术可能是必要选择；
c.饮食改善与运动：部分家长可通过增强营养、鼓励孩子多进行户外运动如慢跑、跳绳，辅助提高生长激素的分泌；豆类、坚果和蛋类等富含蛋白质与锌的食物也对发育有一定帮助。
如有明显发育迟缓或严重异常，请务必带孩子到内分泌科、小儿泌尿科或内科进一步检查，早发现能大幅提高治疗效果。孩子的身心健康同样重要，家长还需关注其心理状态，为其营造舒适、自信的成长环境，帮助其正常进入青春期。