洁霉素临床主要用于敏感菌引起的各种感染，如肺炎、脑膜炎、心内膜炎、蜂窝织炎、扁桃体炎、丹毒、疖及泌尿系统感染等。由于本品可进入骨组织中，和骨有特殊亲和力，故特别适用于厌气菌引起的感染及金葡菌性骨髓炎。
洁霉素又叫林可霉素，该药抗菌范围广，作用较好，用前不需要作过敏皮试，而且价格低廉，所以目前在基层医疗单位使用相当广泛。
近年有临床观察证明，该药可引起老年男性尿潴留，发生率约为0.9%。这是洁霉素的药物不良反应，还是因服药老人患有前列腺增生，目前还不十分清楚。
但已有研究证明，该药对神经肌肉的连接通路有阻断作用，这可能与发生老年尿潴留有关。
因此，有专家建议，在有多种抗生素可供选择的情况下，老年男性，尤其是50岁以上的男性患者，应慎用洁霉素，对患有老年前列腺增生的患者则应禁用洁霉素。