跑步机赤脚跑适合短距离低强度训练，穿鞋跑更适合长距离或高强度运动。选择需根据足部健康状况、运动目标及跑步机材质综合判断。
跑步机赤脚跑能增强足底肌肉敏感度，帮助改善跑姿和平衡能力。足底直接接触跑带可刺激神经反馈，适合进行姿势矫正训练。但长时间赤脚跑可能增加足底筋膜劳损风险，尤其在硬度较高的跑带上易引发疼痛。跑带高温或粗糙表面还可能造成皮肤磨损，需控制单次训练时长在20分钟以内。
穿专业跑鞋能提供缓冲和支撑，显著降低膝关节与踝关节的冲击力。鞋底防滑设计可避免跑带打滑风险，适合变速跑或间歇训练。鞋帮包裹性有助于稳定足踝，减少扭伤概率。但过厚的鞋底可能削弱足部本体感觉，长期依赖可能影响自然步态。建议选择轻量透气、前掌柔韧的跑步专用鞋，定期更换磨损严重的鞋底。
无论选择哪种方式，跑步前需充分热身并检查跑带平整度。赤脚跑者应从低速短时间开始适应，穿鞋跑者需确保鞋码合脚无松动。运动后建议进行足底滚轴放松，出现持续疼痛或肿胀应及时休息。结合两种方式交替训练，既能提升运动表现又可降低损伤风险。