胃肠镜检查过程中可能会有轻微不适，但多数人可以耐受。检查前需空腹并服用清肠药物，检查时医生会视情况使用镇静剂减轻不适感。
胃肠镜检查的不适感主要来自内镜通过咽喉或直肠时的异物感，以及充气扩张胃肠道的胀气感。普通胃镜检查时，咽喉反射可能引发恶心呕吐反应，肠镜在转弯处可能牵拉肠壁产生短暂隐痛。采用无痛胃肠镜时，静脉麻醉可完全消除检查中的不适，患者仅需在检查后短暂休息即可恢复。检查前8-12小时需严格禁食，肠镜检查前还需服用复方聚乙二醇电解质散等清肠药物排空肠道。检查后2小时内应继续禁食，待咽喉麻醉感消失后可先饮用温水，无呛咳后再逐步恢复软质饮食。
检查后24小时内避免驾驶或高空作业，无痛检查者需家属陪同。日常饮食可增加膳食纤维摄入，规律作息有助于维持胃肠健康。若出现持续腹痛、便血或发热等症状应及时返院复查。建议40岁以上人群或存在消化道肿瘤家族史者定期进行胃肠镜筛查。