纤维鼻咽镜检查通常不会造成明显痛苦，但可能引起轻微不适感。检查过程中主要存在异物感、恶心反射等生理反应，医生会通过表面麻醉和操作技巧减轻不适。
纤维鼻咽镜检查的不适感主要来源于鼻腔黏膜的敏感性和咽部反射。检查前会使用利多卡因等表面麻醉剂喷洒鼻腔，降低黏膜敏感性。直径仅3-5毫米的软性镜体经鼻腔缓慢推进，多数人仅感觉局部压迫感。医生会指导受检者用口呼吸放松喉部肌肉，减少镜体接触咽后壁引发的干呕反射。儿童或咽反射敏感者可能出现较强反应，此时可采用坐位检查、短暂分次操作等方式缓解。
极少数情况下，鼻腔结构异常或操作不当可能导致黏膜损伤出血。存在严重鼻中隔偏曲、鼻甲肥大的患者，镜体通过受阻时可能产生疼痛。急性鼻窦炎发作期检查会加重炎症刺激。这些情况需提前告知医生，必要时改用影像学检查替代。
检查前4小时需禁食防止呕吐，穿着宽松衣物保持呼吸通畅。检查后1小时内避免进食饮水以防误吸，鼻腔麻木感消退前勿用力擤鼻。出现持续出血或呼吸困难应及时就医。日常保持鼻腔湿润可减少检查不适，有过敏性鼻炎者可在医生指导下提前使用抗组胺药物。定期口腔清洁和戒烟有助于改善咽部敏感度。