小肠镜检查过程通常比普通肠镜更不适，主要因检查范围更长且器械操作更复杂。小肠镜需经口或肛门插入约2米长的内镜，而普通肠镜仅检查1米左右的结肠。
小肠镜需在全身麻醉下进行，检查时间约1-3小时，过程中可能因牵拉肠管引发腹胀或隐痛。普通肠镜多采用局部麻醉，检查时间约15-30分钟，主要不适来自注气扩张肠道。小肠镜需反复进退镜身以观察褶皱密集的小肠黏膜，可能加重黏膜摩擦感。普通肠镜仅需单向推进，肠道弯曲处可能引发短暂绞痛。两者术后均可能出现腹胀，但小肠镜因检查时间长，气体残留概率更高。
少数患者对麻醉药物敏感可能出现恶心呕吐，需提前告知医生过敏史。消化道结构异常者可能增加进镜难度，需术中调整体位辅助。既往腹部手术史患者可能因肠粘连加重不适感，必要时可改用胶囊内镜替代。
检查前3天建议低渣饮食，前1天服用清肠剂准备，避免肠道残留物影响观察。术后2小时内禁食禁水，待麻醉完全消退后从流质饮食逐步过渡。24小时内避免驾驶或高空作业，48小时内观察有无持续腹痛或便血，出现异常需及时就医。日常可补充益生菌调节肠道菌群，适量运动促进胃肠蠕动，减少检查后腹胀持续时间。