胃萎缩经过规范治疗通常可以控制病情进展，部分患者可能实现黏膜修复。胃萎缩的治疗效果主要与病因控制、干预时机和个体差异有关。
胃萎缩的治疗效果与病因密切相关。幽门螺杆菌感染是胃萎缩的主要病因之一，根除治疗有助于阻断炎症进展。对于自身免疫性胃炎导致的胃萎缩，免疫调节治疗可能改善症状。长期胃酸反流引起的萎缩性改变，抑酸治疗联合黏膜保护剂可促进修复。维生素B12缺乏诱发的萎缩性胃炎，补充治疗能纠正代谢异常。部分中重度萎缩伴肠化生的患者，需定期内镜监测以防癌变。
胃萎缩的病理改变存在一定可逆性。早期轻度萎缩通过消除诱因和营养支持，部分患者黏膜可逐步修复。长期慢性萎缩伴广泛肠化生或异型增生者，完全逆转概率较低。高龄患者因再生能力下降，治疗效果可能受限。合并严重基础疾病如肝硬化、糖尿病者，预后相对较差。遗传因素导致的恶性贫血相关萎缩，通常需终身替代治疗。
胃萎缩患者应保持规律饮食，避免过热、过咸及腌制食品，适量补充富含维生素A、C、E的深色蔬菜水果。戒烟限酒有助于减少黏膜损伤，每日蛋白质摄入量建议达到每公斤体重1-1.2克。可遵医嘱使用猴头菌提取物颗粒、胃复春片等中成药辅助调理，定期复查胃镜及病理检查。出现消瘦、呕血、黑便等症状需及时就医。