十二指肠镜检查通常不会产生剧烈疼痛，但可能引起轻度不适或恶心感。检查前会使用局部麻醉药物减轻咽喉反射，必要时可配合静脉镇静。
十二指肠镜检查的不适感主要来源于内镜通过咽喉部时的异物感，以及注气扩张肠道带来的腹胀。多数患者能够耐受这种短暂不适，检查过程中保持平稳呼吸有助于缓解紧张情绪。医生会通过调整进镜速度和注气量来减少刺激，操作时间一般控制在5-15分钟。对于敏感体质者，采用超细径内镜或二氧化碳注气能进一步降低不适。
极少数情况下可能出现明显疼痛，多见于既往有上腹部手术史导致肠粘连的患者，或存在十二指肠溃疡急性期、憩室炎等炎症病变时。这类情况医生会提前评估风险，必要时改用无痛内镜技术。检查后1-2小时咽喉麻木感消退后即可恢复饮食，建议当天避免辛辣刺激食物，出现持续腹痛或呕血需立即就医。
检查前4-6小时需严格禁食，有假牙者应提前取下。高血压患者需正常服用降压药，糖尿病患者应调整胰岛素用量。术后2小时内禁止驾车或高空作业，24小时内避免剧烈运动。保持放松心态、积极配合医生指令能显著提升检查舒适度。