胃肠镜检查过程中可能会有轻微不适，但多数人可以耐受。检查前会使用麻醉药物减轻痛苦，具体感受因人而异。
胃肠镜检查时，医生会将带有摄像头的细长软管经口腔或肛门插入消化道。咽喉部敏感者可能出现短暂恶心感，肠镜检查时可能有腹胀或牵拉感。现代设备管径较细且可弯曲，配合麻醉喷雾或静脉镇静，能显著降低不适。部分人群检查后可能出现短暂咽喉肿痛或腹部隐痛，通常1-2天自行缓解。
少数对疼痛极度敏感或存在肠粘连的患者，可能出现较强痛感。严重焦虑者可能因紧张放大不适感，这类情况可提前与医生沟通选择无痛检查方案。既往有消化道手术史、腹膜炎病史等特殊人群，检查难度可能增加，需由经验丰富的医师操作。
检查前3天需低渣饮食，前一晚服用清肠药物排空肠道。检查当日空腹6小时以上，穿着宽松衣物。术后2小时待咽喉麻醉消退后进食温凉流质，避免剧烈运动。出现持续腹痛、呕血或便血需立即就医。定期胃肠镜检查能有效早期发现消化道病变，建议40岁以上人群每3-5年检查一次。