喝酸奶的最佳时间通常是餐后半小时至两小时，有助于促进消化吸收。空腹时胃酸浓度较高可能影响乳酸菌活性，而随餐或餐后饮用能更好发挥酸奶的营养价值。
酸奶含有丰富的蛋白质、钙质及活性乳酸菌，餐后胃部环境趋于中性，此时饮用可减少胃酸对益生菌的破坏，提高肠道定植率。酸奶中的钙与食物中的脂肪结合形成可溶性钙皂，提升钙吸收效率。对于乳糖不耐受人群，餐后饮用能延缓胃排空速度，减轻胃肠不适。需注意避免与高温食物同食，以免灭活益生菌。
部分人群可选择早餐搭配全麦面包或晚餐后饮用，利用酪蛋白缓释特性维持夜间氨基酸供应。运动后30分钟内补充酸奶能帮助肌肉修复，但胃溃疡患者应避开空腹时段。冷藏酸奶直接食用可能刺激胃肠，室温放置片刻更适宜。
日常饮用酸奶建议选择无添加糖产品，每日摄入量控制在200-300克。搭配蓝莓、燕麦等膳食纤维食物可增强益生菌作用，避免与抗生素同服。乳糖不耐受者可选低乳糖酸奶，糖尿病患者需注意选择无糖品种。长期规律饮用有助于维持肠道微生态平衡，但不可替代药物治疗。