泡发后的木耳可以冷冻保存，但可能影响口感与质地。木耳冷冻后解冻易变软烂，建议优先冷藏短期存放。
冷冻保存会导致木耳细胞结构因冰晶形成而受损，解冻后水分大量流失，质地会明显变软且失去弹性。这种物理变化不可逆，尤其凉拌食用时口感差异显著。若需冷冻，建议将泡发木耳沥干水分后分装密封，减少冰晶接触面积，解冻后适合用于炖煮类菜肴，高温加热可部分弥补质地损失。
冷藏保存能更好维持木耳原有状态，泡发后沥干装入保鲜盒，覆盖干净湿毛巾保持湿度，3-5天内食用完毕。需注意冷藏期间每日检查，出现粘液或异味需立即丢弃。干燥木耳比泡发后更耐储存，未泡发的干木耳密封避光可存放数月。
日常存放木耳需注意环境湿度控制，避免霉变风险。泡发时使用干净容器与冷水，夏季可置于冰箱低温泡发以减少细菌滋生。烹饪前再次冲洗并剔除根部硬结，无论冷冻或冷藏后的木耳都需彻底加热。特殊人群如消化功能较弱者，建议现泡现吃以确保最佳营养吸收与食用安全。