木耳清洗可采用浸泡搓洗法、淀粉吸附法、盐水杀菌法、流水冲洗法、蒸汽软化法等方法。
1、浸泡搓洗法
干木耳需冷水浸泡2小时以上，待完全舒展后摘除根部硬结。将木耳置于掌心轻轻揉搓，利用水流冲走褶皱中的泥沙。重复换水3次直至水质清澈，注意不可用力撕扯以免破坏胶质层。浸泡水温不宜超过40度，高温会导致木耳营养成分流失。
2、淀粉吸附法
在浸泡后的木耳中加入1勺食用淀粉，淀粉分子能有效吸附附着在菌褶中的微小杂质。静置10分钟后顺时针搅拌，淀粉形成的胶体可包裹灰尘颗粒，最后用筛网过滤冲洗。此方法特别适合处理野生木耳的顽固杂质。
3、盐水杀菌法
用3%浓度盐水浸泡20分钟，钠离子渗透作用可杀灭表面细菌，同时使木耳组织收缩挤出内部脏污。盐分浓度过高会破坏木耳多糖结构，建议每500毫升水加15克食盐。处理后的木耳需用清水漂洗3遍去除咸味。
4、流水冲洗法
将泡发的木耳置于漏勺中，用流动清水持续冲洗5分钟。水压可冲走菌盖褶皱中的虫卵和微生物，冲洗时用手指轻轻拨动菌褶。此方法需配合其他清洗步骤使用，单独冲洗难以清除深层杂质。
5、蒸汽软化法
蒸锅上汽后放入木耳蒸2分钟，高温蒸汽能使菌体软化膨胀，便于后续清洗。蒸制后立即过冷水保持脆嫩口感，此时木耳褶皱完全展开，更易清除隐蔽污垢。注意蒸制时间过长会导致木耳粘烂。
清洗后的木耳应沥干水分冷藏保存，建议24小时内食用完毕。烹饪前可再用沸水焯烫10秒进一步杀菌，凉拌时添加蒜末或食醋有助于抑制微生物繁殖。选择朵形完整、无霉斑的优质木耳能降低清洗难度，野生木耳比人工种植品种需要更彻底的清洁处理。日常储存干木耳需保持干燥通风，避免受潮产生有害物质。