魔芋豆腐可以冷冻，但冷冻后口感会变差。魔芋豆腐的主要成分是魔芋葡甘聚糖，冷冻会导致其凝胶结构破坏，解冻后可能出现脱水、变硬或失去弹性。
魔芋豆腐经过冷冻后，内部水分形成冰晶会刺破凝胶网络，解冻时水分无法完全回吸，质地会变得松散或海绵状。低温还会使魔芋中的可溶性膳食纤维部分降解，降低其特有的Q弹口感。若需短期保存，建议冷藏不超过3天，保持原有风味和营养。
特殊情况下需要冷冻时，可将魔芋豆腐切块后密封保存，避免反复冻融。解冻后适合用于炖煮类料理，高温加热能部分恢复质地。但凉拌或涮火锅等对口感要求高的吃法，冷冻后的魔芋豆腐难以达到理想效果。
日常保存魔芋豆腐建议原包装未开封时冷藏，开封后浸泡在清水中并每日换水。食用前用沸水焯烫可去除碱味，搭配富含维生素C的蔬菜水果能促进膳食纤维吸收。若发现表面发黏或异味应立即丢弃，胃肠敏感者需控制单次食用量在100克以内。