木耳清洗的关键在于充分泡发后去除杂质，可采用温水泡发、流水冲洗、手工揉搓等方法彻底清洁。
1、温水泡发
干木耳需用30-40℃温水浸泡2小时以上，水温过高会破坏胶质。泡发过程中可加盖保持温度，体积膨胀至3倍大时表明充分吸水。泡发容器建议选择玻璃或陶瓷材质，避免塑料容器吸附异味。冬季可延长泡发时间至4小时，夏季需注意室温过高可能导致变质。
2、流水冲洗
泡发后的木耳需在流动水下冲洗3-5分钟，水流压力有助于冲走褶皱中的泥沙。冲洗时用手指轻轻搓动菌盖边缘，重点处理根部附着木屑的部位。建议使用过滤水或凉白开进行最终冲洗，避免生水中的微生物污染。冲洗后可将木耳放入筛网沥水，观察底部是否还有沉淀物残留。
3、手工揉搓
对个别顽固杂质可用食盐辅助揉搓，取少量食盐撒在湿润的木耳表面，双手轻轻揉捏30秒后冲洗。较厚的木耳可撕成小朵后处理，特别注意菌褶部位的清洁。揉搓力度要轻柔，过度用力会导致木耳碎裂。处理野生木耳时需增加揉搓次数，人工栽培品种相对容易清洁。
4、淀粉吸附
在最后漂洗阶段可加入1勺淀粉搅匀，静置2分钟后冲洗。淀粉颗粒能吸附残留的微小杂质，尤其适合处理表面粘滑的秋木耳。此方法对清除虫卵效果较好，但需确保淀粉完全冲洗干净。淀粉水浓度不宜过高，500ml清水对应5g淀粉即可。
5、焯水杀菌
清洗完成的木耳建议沸水焯烫1分钟，可杀灭表面细菌并提升口感。焯水时加少许白醋能保持爽脆质地，水量要完全没过木耳。野生木耳需延长焯水时间至2分钟，焯好后立即过冷水降温。注意焯水后不可再长时间浸泡，否则会重新吸收水分影响风味。
日常食用木耳建议控制单次泡发量，未用完的木耳可沥干水分后冷藏保存2天。清洗过程中发现异常酸味、黏液或明显虫蛀应丢弃。木耳富含膳食纤维和胶质，适合与黄瓜、胡萝卜等蔬菜凉拌，避免与田螺、野鸡等食材同食。中老年人及消化功能较弱者应将木耳切细后烹调，每周食用3-4次为宜，过量可能引起胃肠不适。