甜椒放久了若未变质一般可以吃，出现腐烂或异味时则不建议食用。甜椒保存时间受储存环境、成熟度、表皮完整性等因素影响。
甜椒在低温干燥环境下存放时间较长，表皮光滑无破损的甜椒保鲜期可达一周以上。冷藏时用厨房纸包裹后放入保鲜袋，可减少水分流失。轻微皱皮的甜椒去除变软部分后，中心肉质完好的仍可烹饪食用，其中维生素C和类胡萝卜素含量虽有下降，但膳食纤维和矿物质保留较多。观察甜椒蒂部是否发霉是判断新鲜度的重要指标，未霉变的甜椒经高温烹煮后安全性更高。
甜椒表面出现大面积黑斑、渗液或酸腐味时已滋生霉菌，产生的展青霉素等毒素耐高温，清洗或切除霉变部分仍存在风险。冷藏超过两周的甜椒即使外观正常，营养价值已显著降低，其中维生素C损失可能超过一半。塑料袋密封存放的甜椒更易因冷凝水加速腐烂，建议改用透气性容器储存。孕妇及免疫力低下者应避免食用存放过久的甜椒。
日常储存甜椒时可保留蒂柄延缓水分蒸发，避免与乙烯释放量大的水果同放。短期不食用的甜椒可切块焯水后冷冻保存，烹调时直接取出使用能最大限度保留营养。出现局部腐烂的甜椒不建议挖除后食用，霉菌菌丝可能已扩散至看似完好的部位。