干木耳保存需保持干燥、避光、密封，避免受潮和虫蛀。正确保存方法主要有低温冷藏、真空包装、防潮剂辅助、定期检查、分装保存等。
1、低温冷藏
将干木耳放入密封袋或保鲜盒中，置于冰箱冷藏室保存。低温环境能有效抑制霉菌和虫卵滋生，延长保质期。冷藏时需确保包装完全密封，避免水汽渗入导致受潮变质。若需长期保存，可置于冷冻层，但解冻后需尽快使用。
2、真空包装
使用真空密封机抽空包装袋内空气，隔绝氧气和湿气。真空状态能防止氧化和微生物繁殖，保存时间可达一年以上。开封后若未用完，需重新抽真空或改用其他密封方式，避免接触空气后品质下降。
3、防潮剂辅助
在储存容器中放置食品级干燥剂或生石灰包，吸收环境中的水分。防潮剂需定期更换，避免饱和后失效。此法适合潮湿地区使用，但需确保防潮剂不与木耳直接接触，建议用纱布隔开。
4、定期检查
每月检查储存的干木耳是否有霉斑、虫蛀或异味。发现受潮可摊开晾晒或用烤箱低温烘干，霉变则需丢弃。检查时发现包装破损应立即更换，防止湿气侵入导致整体变质。
5、分装保存
将大包装干木耳按每次用量分装至小密封袋，减少反复开合主包装的次数。分装后标注日期，遵循先进先出原则使用。小包装可搭配脱氧剂增强防潮效果，尤其适合南方梅雨季节。
日常保存干木耳时，建议选择阴凉通风处存放环境，避免阳光直射。食用前需充分泡发并清洗，剔除杂质。若泡发后出现黏滑、异味等异常情况应停止食用。合理保存的干木耳可保留大部分营养成分，如多糖、膳食纤维和矿物质，适合用于凉拌、炖汤等多种烹饪方式。长期储存时建议每半年更换一次防潮措施，确保品质稳定。