青柠檬和黄柠檬各有优势，具体选择需根据用途和个人需求决定。青柠檬适合调味、调饮，黄柠檬更适合直接食用或榨汁。
青柠檬酸度更高且带有独特清香，适合用于东南亚菜系、鸡尾酒调制或海鲜去腥。其果皮较薄汁水丰富，维生素C含量略高于黄柠檬，但果肉较少。未完全成熟的青柠檬含有更多柠檬酸和芳香物质，能提升菜肴层次感。需注意青柠檬常温保存易变黄，建议冷藏存放。
黄柠檬甜度相对较高且果肉饱满，适合制作柠檬水、甜点或直接切片食用。成熟后的黄柠檬含有更多糖分和β-胡萝卜素，呈现明亮黄色。其厚实的果皮适合制作蜜饯或提取精油。常温下保存时间比青柠檬更长，榨汁时出汁率更高。部分品种的黄柠檬籽较少，更适合家庭日常使用。
两种柠檬都富含维生素C和柠檬酸盐，日常使用可根据口味偏好交替选择。制作饮品建议用黄柠檬减少酸涩感，烹饪海鲜推荐青柠檬增强风味。无论选择哪种，表皮有光泽、按压有弹性的更新鲜，每天摄入量控制在1-2个为宜，胃酸过多者应减少空腹食用。