制作柠檬水时选择黄柠檬或青柠檬需根据口味偏好和营养需求决定，黄柠檬酸度低适合直接饮用，青柠檬香气浓适合调饮。
黄柠檬果肉饱满汁水丰富，维生素C含量略高于青柠檬，适合切片泡水或制作蜂蜜柠檬茶，其温和酸味对胃肠刺激较小，老人儿童更易接受。果皮中的橙皮苷等活性物质有助促进消化，常温冲泡能更好释放风味物质，冷藏后饮用可缓解夏季烦渴。需注意表面打蜡的商用黄柠檬建议用盐搓洗后再使用。
青柠檬具有独特清香和强烈酸味，富含柠檬烯等挥发性成分，适合搭配薄荷、迷迭香等草本制作风味特饮。其酸性成分能促进唾液分泌，餐前饮用可增进食欲，果皮中的多酚类物质抗氧化活性较高。但胃酸过多者空腹饮用可能引发不适，建议稀释后少量饮用或搭配甜味食材平衡口感，制作泰式柠檬茶时挤汁比切片更能凸显风味特色。
无论选择哪种柠檬，建议使用40℃以下温水冲泡以保留维生素C，每日饮用1-2杯为宜，避免腐蚀牙釉质。鲜切柠檬需冷藏保存并在24小时内用完，肠胃敏感者可加入少许姜片调和寒性。长期饮用柠檬水者应注意漱口清洁，搭配均衡饮食才能更好发挥保健作用。