内酯豆腐冷冻后会出现质地变硬、蜂窝状孔洞和水分分离现象。内酯豆腐的主要成分是大豆蛋白和水分，冷冻会导致蛋白质结构破坏，解冻后无法恢复原有嫩滑口感。
冷冻过程中，豆腐内部水分结冰膨胀，形成冰晶刺破蛋白质网络，解冻后水分流失，豆腐呈现明显蜂窝状结构，口感粗糙松散。冷冻还会导致大豆蛋白分子结构改变，失去原有弹性和保水性，解冻后易碎不成形，部分区域可能出现发黄或颜色不均。
部分工艺特殊的盒装内酯豆腐冷冻后可能出现内外分层，外层形成海绵状多孔结构，内部仍保留部分未冻结的豆浆液体。这种状态下豆腐营养流失较多，尤其水溶性维生素和部分矿物质会随析出水分丢失，但蛋白质和钙质等主要营养成分仍可保留。
冷冻内酯豆腐适合用于炖煮、煎炒等需要高温加热的烹饪方式，通过长时间加热可部分改善口感。若需保持豆腐嫩滑质地，建议冷藏保存并在保质期内食用。解冻时应放置于冷藏室缓慢化冻，避免反复冻融。将冷冻豆腐用于火锅、卤煮或制作素肉馅，可利用其多孔结构更好吸收汤汁风味。