榨橘子汁一般不需要去籽，橘子籽体积较小且通常不会影响口感。若担心苦味或消化问题，可过滤掉残渣后再饮用。
橘子籽在榨汁过程中会被充分打碎，释放出的微量苦味物质对大多数人无明显影响。现代榨汁机的高转速能有效分解籽粒，残渣过滤后几乎无颗粒感。柑橘类水果的籽含有少量油脂和纤维成分，摄入后可能促进肠道蠕动，但对胃肠功能正常者不会造成负担。
部分品种的橘子籽可能带有明显苦味，如砂糖橘等籽粒较大的品种。这类情况可提前手工去籽或使用细网滤布二次过滤。儿童或胃肠敏感人群饮用时，建议选择无籽柑橘或彻底去除残渣，避免籽中单宁酸刺激消化道黏膜。商用榨汁工艺中通常会采用离心分离技术去除全部固体残渣。
日常榨汁可选择成熟度高、籽少的柑橘品种，如脐橙或蜜橘。饮用前摇晃瓶身使果肉均匀分布，避免沉淀影响口感。胃肠功能较弱者可将果汁稀释后饮用，或搭配温开水减少刺激。新鲜橘子汁建议现榨现喝，避免氧化导致营养流失和苦味加重。