挑选不苦的柠檬主要看果皮颜色、触感、形状和气味。新鲜柠檬通常表皮鲜亮光滑、手感硬实、形状匀称且散发清香，这类柠檬苦味物质含量较低。
成熟度适中的柠檬表皮呈鲜黄色或浅黄色，避免选择青绿色或带有深褐色斑点的果实。青柠檬未完全成熟时柠檬苦素含量较高，而表皮褐变可能代表储存过久或冻伤。优质柠檬果皮细腻有光泽，表面凸起的油胞分布均匀密集，这类果实通常汁水充足且苦味较轻。用手轻捏时应有弹性但不软塌，过硬可能酸度过高，过软则可能内部变质。果实两端略尖、中间饱满的椭圆形柠檬，比圆形或畸形果发育更充分，苦味物质积累更少。
部分进口柠檬品种如尤力克本身苦味较低，但价格较高。若切开后发现白色海绵层过厚或籽粒过多，这类柠檬在生长过程中可能氮肥过量导致苦味增加。夏季高温期采摘的柠檬比秋冬季节的苦味更明显，购买时可询问产地和采收时间。表面有机械损伤或挤压痕迹的果实，破损处易氧化产生苦味物质。
储存时用保鲜膜包裹后冷藏可延缓苦味物质生成，榨汁前去籽并剔除白色经络能进一步降低苦味。若需长期保存，可将柠檬切片后冷冻，解冻后苦味会有所减轻。柠檬表皮打蜡属于常规保鲜工艺，食用前用盐粒搓洗即可去除，蜡质本身不会导致苦味。对于特殊品种如香水柠檬，其独特风味可能被误认为苦味，选购时需注意区分。