泡柠檬水发苦可能与柠檬品种、水温过高、浸泡时间过长、柠檬皮或籽未去除、水质偏碱等因素有关。柠檬水发苦通常不影响饮用安全，但可能影响口感。
柠檬品种是影响苦味的重要因素，部分柠檬本身含有较多苦味物质如柠檬苦素，这类品种的果皮和果肉都容易释放苦味。选择表皮光滑、果肉饱满的柠檬品种能减少苦味产生。水温过高会加速柠檬皮中苦味物质的溶解，用40度以下的温水或凉白开冲泡更为合适。浸泡时间超过2小时会导致果皮中的柚皮苷等成分大量析出，建议现泡现饮或控制在1小时内饮用完毕。柠檬皮和籽含有较高浓度的苦味素，冲泡前彻底去除表皮白瓤和籽能显著降低苦味。使用弱酸性或中性水冲泡效果更好，碱性水会与柠檬酸反应产生涩苦感。
部分特殊情况下柠檬水苦味可能提示异常。使用霉变或化学处理的柠檬会出现异常苦味，这类柠檬表皮可能有黑斑或刺鼻气味。与金属容器接触会产生金属性苦涩，建议使用玻璃或陶瓷器皿。某些药物与柠檬酸结合会产生苦味化合物，服药期间饮用需谨慎。对苦味敏感人群可能放大苦味感知，可适当添加蜂蜜调节。
日常饮用柠檬水建议选择新鲜柠檬，用60度以下温水快速冲洗表皮后切片去籽，每500毫升水放入2-3片柠檬，浸泡30分钟左右饮用最佳。可搭配薄荷叶或少量蜂蜜改善口感，避免空腹饮用。胃肠敏感者应控制每日摄入量，饮用后清水漱口减少对牙釉质的潜在影响。若出现异常苦味或饮用后不适，应立即停止饮用并咨询专业人员。