小米椒可以冷冻保存，但解冻后口感会变软。新鲜小米椒适合冷藏短期保存，冷冻更适合长期储存。
冷冻保存小米椒时，建议先清洗擦干水分，去除蒂部后装入密封袋或保鲜盒。冷冻后的小米椒细胞结构会被冰晶破坏，导致解冻时质地变软，但辣味和部分营养成分仍能保留。适合用于烹饪汤品、酱料或需要加热的菜肴，能有效延长保存时间至数月。需注意避免反复解冻，分装小份量更实用。
新鲜小米椒在冰箱冷藏室可存放一周左右，需保持干燥通风。若表面有水分易导致霉变，可用厨房纸包裹后放入保鲜袋。短期保存能较好维持脆度和鲜辣风味，适合凉拌或直接食用。若发现变软或发霉应立即丢弃，避免食用变质辣椒引发胃肠不适。
日常保存小米椒可根据使用需求选择不同方式。冷冻保存虽方便但会改变口感，建议根据烹饪方式灵活选择。无论哪种方法，都需注意密封防潮，避免与其他食物串味。长期保存前可先将小米椒制成辣椒酱或油泼辣子，既能延长保质期又能随时取用。食用前观察是否有异味或变色，确保食品安全。