蘑菇可以冷藏保存，但需注意储存方式和时间。新鲜蘑菇在低温环境下能延缓腐败，但不当储存可能导致水分流失或变质。
新鲜蘑菇放入冰箱前无须清洗，潮湿环境会加速腐烂。用纸袋或透气容器盛装，避免密封塑料袋导致水汽积聚。温度控制在2-4摄氏度可保存3-5天，部分肉质较厚的品种如杏鲍菇可延长至7天。冷藏后的蘑菇可能出现表面轻微褐变，切除变色部分仍可食用。
部分经过焯水或烹饪的熟制蘑菇更适合冷冻保存。生蘑菇直接冷冻会导致细胞破裂，解冻后口感变差。若需长期储存，可将蘑菇切片后焯水1分钟，沥干水分分装冷冻，保质期可达1个月。野生蘑菇因可能含有毒素，不建议家庭自行储存。
日常储存蘑菇时需定期检查是否有霉斑或异味，避免与气味强烈的食物混放。冷藏后的蘑菇营养会有部分流失，建议尽快食用。烹饪前用软刷清洁表面，减少水分接触。对于商超购买的预包装蘑菇，保留原包装并放置于冰箱冷藏室上层更利于保鲜。若发现蘑菇发黏或变软，应立即丢弃不可食用。