柠檬放了三个月如果没有腐烂变质，一般可以吃。如果出现霉斑、软烂或异味，通常不能吃。柠檬的保存时间与储存环境密切相关，建议切开后尽快食用。
柠檬在低温干燥环境下存放三个月，表皮可能脱水变硬，但内部果肉若无变色、无霉变仍可食用。这类柠檬维生素C含量会下降，但果肉酸度仍适合调味或泡水。冷藏保存的完整柠檬若表皮无异常，可切除干燥部分后使用。储存期间避免与其他腐败水果接触，防止交叉污染。
常温存放超过一个月的柠檬容易滋生霉菌，尤其表皮有破损时霉变概率更高。霉变柠檬会产生展青霉素等毒素，即使切除霉变部分仍有安全风险。发酵变味的柠檬可能含有有害微生物，食用后可能引发胃肠不适。发现果肉发苦、流汁或颜色发褐时应当丢弃。
建议购买后尽快食用新鲜柠檬，短期用不完可切片冷冻保存。使用前观察是否有霉变迹象，避免食用不新鲜的水果。日常储存柠檬需保持干燥通风，切开后需用保鲜膜包裹冷藏并在两天内用完。合理保存能最大限度保留营养，减少浪费。