金桔泡蜂蜜在常温下一般可存放1-2周，冷藏可保存1个月左右。实际存放时间与容器密封性、环境温度、食材处理方式等因素相关。
金桔泡蜂蜜的保存时间受食材新鲜度影响较大。新鲜金桔表皮完整无破损，与金桔充分接触的蜂蜜能形成高渗环境抑制细菌繁殖。制作时需将金桔洗净晾干后切半或扎孔，确保蜂蜜充分渗透果肉。使用玻璃罐密封保存时，每日开盖次数不宜过多，避免空气和水分进入加速变质。若发现液体浑浊、产生气泡或金桔浮起，应立即停止食用。
特殊情况下可能出现保存期缩短。使用未彻底消毒的容器或工具操作时，微生物污染风险增加。环境温度超过25度会加速发酵，南方潮湿季节易出现霉变。添加其他食材如柠檬片可能改变酸碱度，建议单独浸泡。糖尿病患者需注意蜂蜜摄入量，即使未变质也不宜长期大量储存食用。
建议选择小容量容器分装保存，每次取用使用干净餐具。冷藏保存时可定期检查状态，出现异常及时丢弃。金桔泡蜂蜜虽有润肺止咳功效，但出现咳嗽持续或发热等症状应就医。日常饮用时用温水冲泡，避免高温破坏营养成分，胃肠敏感者空腹饮用需适量。