柠檬籽可以直接种植，但发芽率和生长效果可能不如专业育苗方式理想。柠檬籽种植需注意种子处理、土壤选择、温度控制、光照管理和后期养护等关键环节。
新鲜柠檬籽需先清洗去除果肉残留，浸泡温水24小时软化种皮以提高发芽率。选择疏松透气的营养土，将种子尖端朝下插入土中约1厘米深，保持土壤湿润但避免积水。环境温度维持在20-30摄氏度之间最佳，可覆盖保鲜膜创造小型温室效应。发芽期间需放置于散射光充足处，约2-4周可见幼苗破土。幼苗期要注意避免强光直射，定期旋转花盆保证均匀受光。
未经筛选的柠檬籽可能出现发芽率低或品种退化现象，部分商业种植的杂交柠檬种子可能无法保持母本优良特性。直接播种的实生苗通常需要5-8年才能结果，且果实品质存在不确定性。若追求稳定的果实产量和品质，建议采用嫁接等无性繁殖方式。播种前可用细砂纸轻微打磨种皮或进行低温层积处理，有助于打破种子休眠状态。
柠檬幼苗生长期间需保持环境通风，每2个月施用少量有机肥。当植株长至15厘米高时可进行摘心促进分枝，每年春季更换大一号花盆。北方地区冬季需移入室内养护，避免低于5摄氏度的低温冻害。盆栽柠檬要特别注意红蜘蛛、蚜虫等病虫害防治，可定期用清水冲洗叶片。若希望获得酸甜适口的果实，结果期需保证每天6小时以上直射光照，并适当控制氮肥用量。