结构家庭治疗与心理中的其他家庭治疗方法有一个共同点：都认为个人问题其实是家庭系统出现问题、家庭功能不良的表现，但结构家庭治疗更家庭各个次系统的界限及次系统的功能问题。

结构家庭治疗者认为家庭功能不良就是家庭在满足家庭成员成长的需要这一功能得不到执行，并曾把功能不良的家庭结构分为五个大类：纠缠型家庭、疏离型家庭、家庭内男性不顾家庭、家庭里父母拒绝介入、父母为未成年人的家庭。这些家庭环境普遍的存在压迫感和无助感，通常是由母亲一个人领导家庭来努力的控制和引导有过错的孩子，而事实是单靠母亲一个人往往不能很好的完成这个任务。互动模式的不良阻碍了家庭成员需要的满足，结果就是家庭不能适应新的情景，对外部的压力和环境改变反应刻板而不适当。譬如，一个孩子总是不听话，不听管教，父母天天对着他发火训斥，其实真正原因可能在于夫妻关系已经濒临破裂，只是双方将经历注意到孩子问题上，以免家庭崩溃。这种方式就是以表面现象掩盖家庭成员的真实感受和体验，放大家庭某一位成员的问题，转移个体家庭问题的本质。然而这种手段并不能带来家庭冲突的真正解决，只是将家庭问题和隐患用假象遮盖起来，往往牺牲了家庭其他成员如孩子的自力、自信和能力感得发展。因此很多家长将孩子问题归于表象，其实只有将孩子问题置于家庭系统的框架下考虑，才能发现孩子问题的内在根源。

家庭治疗基于以上理论因此更致力于重塑可以执行健康家庭功能的家庭系统，使原本不健全的家庭系统恢复健全和功能，使家庭运作时界限和规则灵活清晰，并促成家庭成员的良心互动和交流。因此，家治疗不会停留于个人的病症，而是借由外在的个体症状来理解整个系统的问题，通过改变对外适应不良的反应方式或改善功能失调的家庭互动形态，达到个人和家庭系统的共同改变。