药流通常在服药后2-3天反应最明显，具体不适程度因人而异。药流的不适感主要与子宫收缩、激素水平变化有关，多数集中在孕囊排出前后。
药流过程中，米非司酮和米索前列醇的联合使用会引发子宫强烈收缩以促进妊娠组织排出。服用米索前列醇后的4-6小时可能出现剧烈腹痛、大量出血和恶心呕吐，这是药物起效的正常反应。部分人会出现寒战、发热或腹泻等前列腺素副作用，通常持续数小时后逐渐缓解。孕囊排出时可能伴随明显下坠感和血块排出，此时需密切观察出血量。
少数人对药物敏感性较高，可能在服用米非司酮阶段就出现持续腹痛或阴道流血。极个别情况下会发生不完全流产，导致出血时间延长或继发感染，表现为发热、分泌物异味或剧烈疼痛。药物过敏者还可能出现皮疹、呼吸困难等异常反应，这类情况需立即就医处理。
药流后应卧床休息1-2天，避免体力劳动和盆浴，使用卫生巾而非棉条观察出血情况。两周内禁止同房，饮食上多补充含铁食物如动物肝脏、菠菜等，帮助身体恢复。若出血超过月经量、持续发热或腹痛加剧，须及时返院复查超声，必要时进行清宫手术。保持外阴清洁干燥，可适当热敷腹部缓解疼痛，但禁止自行服用止痛药掩盖症状。